A la gloriosa Orden Franciscana se debe gran parte del esplendor de las procesiones de Semana Santa. En su recinto conventual, nace la Cofradía Penitencial de la Vera Cruz; en su sala capitular reunidos en cabildo general, ordenan y aprueban los capítulos de la santa Regla, y acto seguido en sus claustros se organizan los primeros cortejos procesionales con los hermanos de luz y disciplina, que pocos años más tarde habrán de desfilar por las viejas rúas.

En los últimos años del siglo XVI, adquiere tal importancia, que la capilla conventual resulta pequeña, "por el mucho concurso de gentes que de ordinario asisten" y para obviar tan grave inconveniente, los hermanos juntos y congregados en la sala donde tienen por uso y costumbre celebrar sus cabildos, acordaron por voto unánime, pedir al Ayuntamiento ciertos suelos, que tenía en el testero de la Costanilla, al final de las Platerías, donde habla de edificar la iglesia, hospital, y demás dependencias

No había transcurrido un siglo, cuando de nuevo se plantea el mismo problema. En plena marcha ascendente, los viejos y maltrechos "pasos" fabricados de cartón y lienzo, de un extraordinario efecto escénico, se cambian por otros labrados con mayor primor en el taller de Gregorio Fernández. Era entonces el templo estuche pobre, para guardar tan valiosas joyas.

Antiguamente del convento franciscano en la tarde del Jueves de la Cena, partía la solemne procesión de disciplina, formada por unos seiscientos cincuenta hermanos de luz, vestidos con túnica de bocací negro, antorchas de cuatro pábilos, más otros mil quinientos hermanos de sangre que durante la procesión remedaban devotamente, santamente, el doloroso trance de la flagelación, pasando y repasando por el torso desnudo unas cuerdas de gruesos nudos hasta hacerle brotar sangre.

Si la cofradía penitencial de las Angustias celebraba con extraordinaria pompa su fiesta de la Alegría, venía a renglón seguido la de la Vera Cruz, y en noble emulación organizaba otra con mayores alicientes. Tenía medios sobrados para hacerlo: sumas crecidas en sus arcas y mayordomos con gusto y rumbo para dar desusada solemnidad...

 Desde tiempo inmemorial, la cofradía tenia entre sus preseas más valiosas, un pedazo pequeño del Madero Santo, que en los cortejos procesionales, era llevado bajo palio en un sencillo viril. Estimando los Alcaldes y Diputados, no estar a tono con el alto valor de tan singular reliquia, reunidos en cabildo general, el 23 de marzo de 1661, acordaron encargar al artífice Pedro Cortés de la Cruz, la hechura de unas andas de plata, conforme a las condiciones que a continuación se copian:

En los Libros de Acuerdos del Cabildo, va registrada una fecha luctuosa: el incendio ocurrido el 24 de abril de 1806. El templo sufrió grandes desperfectos, con la sala de cabildos, y casas inmediatas. Por un verdadero milagro, no recibieron el menor deterioro las magnificas imágenes procesionales, que durante las obras de restauración, encontraron asilo en la iglesia conventual de San Francisco.